La paroisse de St-Malo fut fondée le 6 juillet 1863. La construction de la première chapelle a été terminée en 1866 et se situait dans Malvina, le berceau de St-Malo.

 

En 1880 il faut réparer la chapelle, c'est alors que les paroissiens décident de construire leur nouvelle église plus à l'ouest, à l'emplacement actuel. Les travaux pour l'église furent achevés le 19 octobre 1882 et l'abbé Édouard Gendron devenu le premier curé de St-Malo le 17 août 1883 vient s'installer en permanence le 29 septembre 1883 quand le presbytère est prêt à le recevoir.

 

À cette époque la paroisse compte 64 familles, 328 âmes et 4 écoles. En juin 1884, Monseigneur Racine, évêque de Sherbrooke, bénit la cloche de St-Malo; elle pesait 850 livres et  avait coûté 158$. Elle a reçu les noms de Antoine, Édouard, Joseph, Françoise, Flavien et Étienne. Elle sonnera désormais l'angélus le matin, le midi et le soir.

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Quand le curé Gendron part en 1909, la paroisse compte 1042 âmes communiantes et 633 non communiantes. Il fut remplacé par le curé Vital Dodier jusqu'en 1913, suivi du curé Herménégilde Ernest Fraser qui fit construire un nouveau presbytère en 1914.

 

Le 18 janvier 1920 une tempête de vent et de neige s'abat sur St-Malo et un immense feu consume totalement en quelques heures la belle église de St-Malo. 

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Entre le feu et la construction de la nouvelle église, il s'est écoulé 6 ans; les messes étaient célébrées dans une école et l'été on érigeait un autel temporaire sur la galerie du presbytère et les fidèles envahissaient les terrains et balcons environnants pour assister à la messe. 

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Les plans de la nouvelle église (qui est l'église actuelle) furent dessinés par un jeune architecte dont c'était le premier projet: Joseph-Aimé Poulin. Monsieur Poulin est, par la suite, devenu très important et a conçu une multitude d'édifices religieux et institutionnels en Estrie.

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L'église fut livrée le jour de Noël 1926 et bénie le 4 juillet 1927. Sa cloche de 1,200 livres fut baptisée Paul, Alphonse, Ozias et Arthur et c'est encore la même aujourd'hui.